Os governos do Brasil e do Paraguai têm a atribuição de nomear a Diretoria Executiva da Itaipu Binacional por meio de indicação da Empresa Brasileira de Participações em Energia Nuclear e Binacional (ENBPar) e da Administración Nacional de Electricidad (Ande). Para cada cargo reservado a um país, há um posto equivalente destinado à outra margem.

O Conselho de Administração é composto por doze conselheiros, seis brasileiros e seis paraguaios, e dois representantes dos Ministérios das Relações Exteriores, um de cada país. O Conselho de Administração reúne-se a cada dois meses ou em convocação extraordinária.

A Diretoria Executiva e o Conselho de Administração têm competências e atribuições fixadas no Anexo A do Tratado de Itaipu e no Regimento Interno.