Una vez identificadas las áreas invadidas, los técnicos forestales del Proyecto Carapã Ypoti, realizan un previo análisis  para determinar cual sería la forma más efectiva en cuanto la recomposición forestal del área. Dependiendo del tipo de uso del área, se evalúa si existe la necesidad de reforestar, densificar o manejar de la forma más adecuada posible la regeneración natural.

La reforestación de las áreas es realizada con especies nativas, respetando las especificaciones técnicas de Itaipú Binacional. El trabajo de producción de mudas, bien como el plantío de las mismas en las áreas reincorporadas es hecho con maciza participación de la población local, sea a través del propio colindante (ex invasor), de sus vecinos y/o otros trabajadores, quiénes en contrapartida son convenientemente fomentados (insumos y/o remuneración).